答案是使用签名脚本
Sigh script at github
安装好brew，先用brew安装ruby，然后用gem安装sigh。
1、brew install ruby
2、sudo gem install sigh
使用就非常简单了：
1、输入sigh resign，回车
2、把要签名的ipa文件拖到窗口上，回车
3、填写用来签名的证书，回车
4、把embedded.mobileprovision文件拖到窗口上，回车
5、好了，resign脚本会自动更改bundel id，签名并重新打包。
如果像是微信那种带多targets的应用，可以直接调用resigh.sh进行签名：
./resign.sh YourApp.ipa "iPhone Distribution: YourCompanyOrDeveloperName" -p "bundel id"=<path_to_provisioning_profile_for_app>.mobileprovision -p "bundel id"=<path_to_provisioning_profile_for_watchkitextension>.mobileprovision -p "bundel id"=<path_to_provisioning_profile_for_watchkitapp>.mobileprovision -p "bundel id"=<path_to_provisioning_profile_for_todayextension>.mobileprovision resignedYourApp.ipa
我详细举个例子说明吧，重签名一个叫乐动力的应用，里面包含一个XQTodayExtension.appex的通知栏插件，我们来看怎么签名：
1、先去导出两个mobileprovision文件，分别是应用和Plugin的，这里我导出了1. mobileprovision和2. mobileprovision，分别对应com.fenzi.xiaoqin和com.fenzi.xiaoqin.XQTodayExtension。
2、在1.4这个版本的sigh里，resigh.sh的位置是/usr/local/lib/ruby/gems/2.3.0/gems/sigh-1.4.0/lib/assets/resign.sh，运行resign.sh进行签名：
resign.sh /Users/Dylan/Code/LDL/xiaoqin.ipa "iPhone Distribution: YourCompanyOrDeveloperName" -p com.fenzi.xiaoqin=/Users/Dylan/Code/LDL/1.mobileprovision -p com.fenzi.xiaoqin.XQTodayExtension=/Users/Dylan/Code/LDL/2.mobileprovision /Users/Dylan/Code/LDL/xiaoqin2.ipa
保存下来的xiaoqin2.ipa就是重签之后的文件。如果有苹果手表的文件，也同理处理。
sign脚本还有很多实用的功能，比如直接申请ADHOC签名证书，申请Developent签名证书等等。
而sign脚本是fast lane系列工具中的一个，有兴趣可以研究下，功能非常强大。
Fastlane script at Github
