我已经解决，谢谢大家。
修改 /opt/MonkeyDev/Tools/pack.sh 脚本里的 90 号，指定 python 版本：
PYTHONIOENCODING=utf-8 ~/.pyenv/shims/python ${MONKEYDEV_PATH}/bin/dump.py ${MONKEYDEV_TARGET_APP} -o "${TARGET_APP_PUT_PATH}/TargetApp.ipa" || panic 1 "dump.py error"
我的 python 路径是 ~/.pyenv/shims/python ，改成你自己的。这样就能保证 xcode 编译的时候，执行这个脚本使用的是你自己安装的 python 版本。